顶杆机和链条机是摩托车发动机的两种不同配气机构，它们的区别主要体现在以下几个方面：
1. 结构不同：顶杆机的配气机构由上摇臂、下摇臂、顶杆、气门摇臂、气门、正时齿轮等部件组成；链条机的配气机构由正时链条、链条张紧器、链轮、凸轮轴、气门摇臂、气门等部件组成。
2. 工作原理不同：顶杆机的工作原理是当发动机运转时，曲轴通过正时齿轮带动凸轮轴旋转，使凸轮轴上的凸轮推动下摇臂，下摇臂再推动顶杆，顶杆推动上摇臂，上摇臂最后推动气门，使气门开启和关闭；链条机的工作原理是当发动机运转时，曲轴通过正时链条带动凸轮轴旋转，使凸轮轴上的凸轮推动气门摇臂，气门摇臂再推动气门，使气门开启和关闭。
3. 性能不同：顶杆机的结构简单，维修方便，成本低，但由于顶杆的存在，发动机的噪音和振动较大，高速性能较差；链条机的结构复杂，维修难度较大，成本较高，但由于没有顶杆，发动机的噪音和振动较小，高速性能较好。
总的来说，顶杆机和链条机各有优缺点，消费者可以根据自己的需求和喜好选择适合自己的摩托车发动机。