如果电动车驾驶员在行驶中被交警示意停车，但并未停车而是继续行驶，这属于阻碍执行公务的行为。根据《中华人民共和国道路交通安全法》相关规定，可能会面临以下处罚：
1. 罚款：罚款金额可能从20元至200元不等，具体数额视具体情况而定。
2. 扣分：驾驶员的驾驶证可能会被扣3分。
3. 行政拘留：如果情况严重，驾驶员可能会面临15日以下的行政拘留。
4. 刑事责任：如果因为未停车导致交通事故发生，或者对交警造成伤害等严重后果，驾驶员还可能承担刑事责任。
总之，拒绝执行交警指令是违法行为，不仅会对个人带来法律风险和损失，还会对社会造成不良影响。因此，建议广大驾驶员要遵守交通规则，尊重执法人员的劳动，共同维护良好的交通秩序。