微信办理ETC时，需要支付99元的费用，可能是由于以下原因：
1. 设备成本：办理ETC时需要购买一个车载电子标签设备，这个设备的成本可能在几十元至一百元之间。因此，在办理过程中支付99元可能包含了这部分费用。
2. 安装服务：部分地区的微信办理ETC服务可能会提供安装服务，这也会产生一定的费用。因此，支付的99元中可能包括了安装服务费。
3. 技术服务费：办理ETC的过程中，可能需要经过技术人员的操作和服务，这部分也会产生相应的费用。
总的来说，微信办理ETC需要支付99元的原因可能是因为设备成本、安装服务和技术服务等费用的综合。具体情况可以咨询相关客服或工作人员了解详细情况。