手自一体变速器长期只使用手动模式并不会有损坏，但可能会影响燃油经济性。
手自一体变速器的“自动”模式实际上是通过计算机控制对发动机转速和车速的监控，以实现最佳的燃油效率和驾驶舒适性。而当你选择手动模式时，你需要自己控制车辆的加速、减速过程，此时车辆会始终保持较高的转速，这可能会导致燃油消耗的增加。
此外，长时间使用手动模式还可能导致驾驶员忽略一些需要快速响应的情况，例如拥堵路况或者需要急加速的情况，这样可能会影响到行车安全。
总的来说，如果你更喜欢使用手动模式来驾驶，那么使用手自一体变速器是个不错的选择。但是，为了节能和安全考虑，建议在适当的时候切换回自动模式。