是的，可以补办。
首先你需要去你购买摩托车的经销商那里咨询并获取一份《机动车整车出厂合格证明》（也就是摩托车合格证）丢失的书面声明。然后带着这份声明和你的身份证、购车发票、购置税完税证明和保险单等相关材料，到当地的工商部门填写一份《机动车登记表》。
之后，拿着填好的表格和相关证件，去当地的车辆管理所申请补发《机动车合格证》。车辆管理所会对你的申请进行审核，审核通过后就会为你补发新的《机动车合格证》了。
需要注意的是，不同地区的规定可能会有所不同，所以最好还是先打电话咨询一下当地的车管所或者相关部门，了解具体的办理流程和所需材料。