这要看你的电瓶车的电池类型和你如何充电。
一般来说，铅酸电池的电动车，如果充电器没有故障且充电过程正常，那么充12个小时并不会对电池造成明显的损害。但是，如果充电器有问题或者电池已经老化，长时间充电可能会导致电池过热、损坏甚至起火。
锂电池的电动车则要注意很多，因为锂电池一般都有充电保护电路，充满电后会自动停止充电，继续充也不会有什么问题。但如果没有这个保护机制，过充可能会影响电池的性能和寿命。
总的来说，如果你的电动车是锂电池的并且有正常的充电保护电路，那么充12个小时应该不会有大问题；如果是铅酸电池，那么更不用担心了。不过，最好的做法还是按照说明书上的建议进行充电，避免过度充电或过度放电。