在菏泽市，申请摩托车驾驶证的流程如下：
1. 报名：首先你需要选择一家有资质的驾校进行报名。报名时需要提交身份证、近期免冠照片等相关材料。
2. 学习：报名后，你需要参加科目一（理论）的学习和考试。考试内容主要是交通法规和相关知识。
3. 驾驶培训：科目一通过后，进行科目二（场地驾驶技能）和科目三（道路驾驶技能）的培训。
4. 考试：完成驾驶培训后，参加相应科目的考试。考试合格后，等待发证。
费用方面，根据2019年的数据，菏泽市报考摩托车驾驶证的总费用大约在1500-2000元之间，包括报名、培训、考试等费用。具体费用可能会因驾校、地区等因素有所不同，建议你在报名前详细咨询所报驾校。