在机动车交通事故中，如果车主承担次要责任，那么交强险的赔偿会根据以下原则进行：
1. 首先，交强险会在责任限额内对受害人的财产损失和人身伤害进行赔偿。这个责任限额因地区而异，但通常包括死亡伤残赔偿限额、医疗费用赔偿限额和财产损失赔偿限额。
2. 对于财产损失，交强险会按照比例赔偿受害人的损失。例如，如果车主承担次要责任，那么交强险会赔偿损失的30%（假设当地的责任限额足够覆盖财产损失）。
3. 对于人身伤害的赔偿，交强险同样会按照比例赔偿。例如，如果受害人的医疗费为10万元，车主承担次要责任，那么交强险会赔偿30%，即3万元。
需要注意的是，具体的赔偿金额还需要根据事故的具体情况和相关法律法规来确定。在实际操作中，可能需要与保险公司进行沟通以获取详细的赔偿方案。