车辆进水后，保险公司会根据保险合同约定的条款进行赔偿。一般来说，如果您的汽车保险包含了涉水险（或称为“发动机进水险”），那么保险公司会负责赔偿车辆的损失。
具体的赔付方式如下：
1. 拍照取证：首先您需要拍摄现场照片作为证据，包括车辆进水的位置、车辆受损情况等。
2. 联系保险公司：尽快联系您的保险公司报案，说明情况并提供相关的证据。
3. 评估损失：保险公司会派专业人员对您的车辆进行损失评估，确定损失金额。
4. 修复车辆：根据评估结果，您可能需要支付一定的维修费用或者更换零部件。保险公司会在约定的时间内将款项支付给维修厂。
5. 领取赔款：在车辆修复完成后，您可以向保险公司申请领取赔款。
需要注意的是，如果您在车辆进水后强行启动发动机导致发动机损坏，那么保险公司可能会拒绝赔付。因此，在遇到这种情况时，最好遵循保险公司的提示和建议。