运输发票的税率主要取决于运输服务的类型以及相关的税收政策。在中国，常见的运输服务税率为3%和9%，这两种税率的主要区别在于适用的服务和税收政策：
1. 3%税率：适用于小规模纳税人提供交通运输服务的情况。在中国，小规模纳税人是指年销售额在规定标准以下，并且会计核算不健全的增值税纳税人。他们按照简易办法依照3%的征收率计算缴纳增值税。因此，在这种情况下，运输服务的发票税率是3%。
2. 9%税率：适用于一般纳税人提供交通运输服务的情况。在中国，一般纳税人是指年销售额在规定标准以上，并且会计核算健全的增值税纳税人。他们按照法定的税率（如13%、9%等）计算缴纳增值税。因此，在这种情况下，运输服务的发票税率是9%。
总的来说，3%和9%的税率区别主要在于提供运输服务的纳税人类型和相应的税收政策。3%税率适用于小规模纳税人，而9%税率适用于一般纳税人。