1. 结构不同：顶杆发动机和链条发动机在内部结构和传动方式上有很大的区别。顶杆发动机的活塞运动是通过顶杆来实现的，而链条发动机则是通过链条和齿轮组来实现活塞运动的。
2. 性能不同：一般来说，链条发动机的性能要优于顶杆发动机。因为链条发动机的传动效率更高，而且噪音更低。而顶杆发动机由于存在顶杆的摩擦和撞击，所以噪音较大，且传动效率较低。
3. 维护成本不同：顶杆发动机的维护成本相对较低一些，因为其结构相对简单，零部件较少。而链条发动机由于其复杂的内部结构和传动方式，所以在维护成本上会相对较高。
4. 耐用性不同：在耐用性方面，链条发动机通常要比顶杆发动机更耐用一些。因为链条发动机的内部零件较少，且链条本身具有很好的耐磨性。而顶杆发动机的顶杆容易磨损，且由于存在撞击，容易导致发动机的损坏。