是的，在科目三考试中，手动挡汽车在启动时需要踩下离合器。这是因为不踩下离合器，发动机将无法启动，因为发动机与车轮是通过离合器连接的，不踩下离合器，发动机的动力就无法传递到车轮上。
具体操作步骤如下：
1. 将车辆停在平坦的道路上，拉紧手刹。
2. 将离合器踏板踩到底（踩到底的感觉是，如果你感觉到踏板反弹了一下，那么你已经踩到底了）。
3. 将钥匙插入点火开关并转动至点火位置（通常是扭到最底部）。
4. 此时你应该听到发动机启动的声音，如果发动机启动了，你会看到仪表盘上的指示灯亮起。如果没有启动，你需要检查电池、火花塞等问题。
5. 当发动机启动后，慢慢松开离合器踏板，同时轻踩油门踏板，使车辆开始行驶。
6. 在行驶过程中，保持油门和离合器的配合，使车辆平稳行驶。