根据公安部的《机动车登记规定》，机动车所有人申请变更登记，将已注册登记的机动车改变车身颜色时，需要提交以下材料：
1. 《机动车变更登记申请表》； 2. 机动车所有人的身份证明原件及复印件； 3. 机动车登记证书； 4. 机动车行驶证； 5. 如需更换发动机或车身/车架的，还需提供新的发动机号和车辆识别代号拓印膜； 6. 如需更换整车的，需提供厂家出具的更换整车证明和新的车辆合格证。
在办理变更登记时，还需要注意以下几点：
1. 变更后的车身颜色不能与指定车辆型号的外观颜色标准不符； 2. 不得使用特种车辆的颜色； 3. 不得影响行车安全，如改变后无法通过车辆安全检验，将无法办理变更登记。
在变更登记完成后，需要在变更后十日内向车辆管理所申请变更登记。