机动车灭失证明通常由车辆登记所在地的车管所开具。以下是具体的步骤：
1. 准备材料：包括车主的身份证明、车辆的原始档案（购车发票、行驶证等）以及车辆灭失的原因说明。
2. 到车辆登记地的车管所申请：携带上述材料，去当地的车管所填写申请表，提交相关材料。工作人员会对提交的材料进行审核。
3. 审核完毕后会给你开具《机动车灭失证明》。这个证明是纸质的，上面会详细记录你的车辆信息，以及为什么灭失的原因。
4. 如果需要办理车辆注销手续，还需要将这份证明提交给相关部门。
请注意，不同地区具体流程可能会有差异，建议提前拨打当地车管所的电话咨询确认。