在计算电动自行车主次责任赔偿时，首先需要确定事故的责任比例。通常，交通事故责任分为全责、主责、同责、次责和无责五种情况。
1. 全责：指事故由一方当事人负全部责任； 2. 主责：指事故由一方当事人负主要责任，另一方当事人负次要责任； 3. 同责：指事故双方当事人的责任相等； 4. 次责：指事故由一方当事人负次要责任，另一方当事人负主要责任； 5. 无责：指事故双方均无责任。
在计算赔偿金额时，需要考虑以下因素：
1. 医疗费：包括住院费、药费、治疗费等； 2. 误工费：根据受害人的收入状况和误工时间计算； 3. 护理费：根据护理人员的收入状况和护理时间计算； 4. 交通费：根据实际发生的费用计算； 5. 住宿费：根据实际发生的费用计算； 6. 营养费：根据受害人伤残情况参照医疗机构的意见确定； 7. 残疾赔偿金：根据伤残等级和收入状况等计算； 8. 死亡赔偿金：根据死亡原因和收入状况等计算； 9. 精神损害抚慰金：根据实际情况确定。
然后，按照各自承担的责任比例进行赔偿。例如，如果一方负主责，另一方负次责，那么主责方承担70%的赔偿责任，次责方承担30%的赔偿责任。具体赔偿金额需要根据实际情况和相关法律法规来计算。