电动车闯红灯的处理方式如下：
1. 罚款：根据《南京市道路交通安全条例》，电动车驾驶员违反交通信号灯规定通行的，处以50元罚款。
2. 扣分：目前南京市对电动车驾驶员尚未实施扣分制度，但未来可能会纳入个人征信系统。
3. 学习交通安全知识：电动车驾驶员可能会被要求参加交通安全知识学习，以提高其交通安全意识和守法意识。
4. 驾驶证扣证：对于多次违反交通法规的电动车驾驶员，可能会被扣留驾驶证，要求其参加学习并取得相应分数后方可领回驾驶证。
5. 吊销驾驶证：对于严重交通违法行为的电动车驾驶员，可能会被吊销驾驶证，五年内不得重新取得驾驶证。
6. 刑事责任：如果电动车闯红灯行为导致了交通事故的发生，并造成了人员伤亡或重大财产损失，电动车驾驶员可能面临刑事责任。
总之，电动车驾驶员应严格遵守交通法规，确保自身和他人的安全。