在上海，货车防疫通行证的办理流程如下：
1. 准备材料：车主需要提供身份证、行驶证、驾驶证、车辆照片等材料。此外，还需要填写《上海市疫情防控应急物资及人员运输车辆通行证申请表》和《上海市疫情防控应急物资及人员运输车辆通行证承诺书》。
2. 提交申请：车主可以通过“随申办”APP或微信公众号提交申请。在申请时，需要选择“货车通行证”类别，并按照提示上传相关材料。
3. 审核：相关部门会对提交的申请进行审核。审核通过后，车主会收到短信通知，告知通行证已办理成功。
4. 下载通行证：车主可以在“随申办”APP或微信公众号上下载通行证。下载后，可以将通行证打印出来，放置在车上以备检查。
5. 使用通行证：在疫情期间，持有通行证的车辆在进出疫情重点区域时，可以优先通行。同时，车辆还需要遵守当地的防疫规定，如佩戴口罩、消毒等。
请注意，以上信息可能会随着疫情的变化而调整，建议在办理前咨询相关部门获取最新信息。