高速匝道限速40开60要扣分吗

是的，超速行驶会被扣分。
在中国，根据《中华人民共和国道路交通安全法》的规定，驾驶中型以上载客载货汽车、危险物品运输车辆以外的其他机动车在高速公路上行驶超过规定时速未达20%的，处以警告或者二十元以上二百元以下罚款，记3分；超过规定时速20%以上未达50%的，处以二百元罚款，记6分；超过规定时速50%以上的，处以一千元罚款，记12分并可以吊销驾驶证。
所以，在高速匝道限速40的情况下，以60的速度行驶属于超速行驶，会被扣分和罚款。