C1驾驶证在一个记分周期被扣满12分的，需要按照以下步骤进行处理：
1. 学习理论知识：参加为期七天的道路交通安全法律、法规和相关知识学习。
2. 考试：在学习结束后，参加相关知识的考试，如果考试通过，可以清除扣分。
3. 办理驾驶证降级手续：如果考试没有通过，那么你的C1驾驶证将被吊销，你需要在吊销后重新申请更高级别的驾驶证（如C2）。
4. 重新申请驾驶证：如果你成功通过了考试并办理了降级手续，你可以重新申请一个C1驾驶证。
注意：以上流程可能会因地区而略有不同，建议咨询当地交通管理部门以获取最准确的信息。