进京证本身不扣分，但是违反相关规定可能会。
根据北京市政府的规定，进入北京六环路（不含）以内道路和通州区全域范围道路（不含高速公路主路）的机动车需要办理进京证。未办理进京证的，其在北京市道路限行范围内行驶记录将作为处罚措施的一项依据。
对于违反限行规定的车辆，会根据其违规次数进行相应的扣分处理。具体规定如下：
1. 第一次违规，予以警告； 2. 第二次及以上违规，每次罚款100元并扣3分； 3. 对于违反限行规定的货运车辆，第一次违规处以1000元罚款，第二次及以上违规处以2000元罚款。
所以，虽然进京证本身不扣分，但违反相关规定可能会受到相应处罚。