如果你的摩托车的合格证和发票丢失了，你可以采取以下措施：
1. 联系销售商或制造商：询问他们是否有备份的证书或发票。有时候，销售商会保留这些文件的副本或者可以通过制造商重新获得。
2. 报警：如果摩托车被盗，你应该立即向当地警方报案。这样，你的案件将记录在案，一旦有人找到并尝试出售你的摩托车，警方就能追踪到这个信息。
3. 申请补办：联系当地的车辆管理局（车管所）了解补办手续。一般来说，你需要提供身份证明、购车合同等相关证明文件来证明你确实是这辆摩托车的合法所有者。不同地区的要求可能有所不同，最好提前电话咨询。
4. 保险理赔：如果你的摩托车购买了保险，并且是在被盗情况下丢失了合格证和发票，你可以向保险公司申请理赔。不过，这需要保险公司核实相关证据。
5. 律师咨询：如果你无法补办或理赔，可以考虑寻求律师的帮助。有些律师可能会愿意帮助你处理这类问题，但费用可能会较高。
请注意，以上建议仅供参考，具体操作时请遵循当地法律法规。