新车第二年的年检流程如下：
1. 准备相关材料：车主身份证、行驶证、交强险保单、车船税证明等。
2. 填写《机动车检验标志申请表》，这个表格可以在车管所网站下载或者到现场领取。
3. 将车辆开到检测站进行尾气排放检测，同时检查车辆的刹车、大灯、雾灯、倒车镜等是否正常。
4. 以上步骤完成后，将车辆开回检测站，提交所有材料，工作人员会帮你办理年检合格标志。
5. 缴纳年检费用（各地费用可能不同）。
6. 最后，拿到年检合格标志后，将贴纸贴在行驶证上，即完成年检手续。
注意：具体流程和所需材料可能因地区而异，建议提前咨询当地的车管所或检测站。