在北京，对于违反限行规定的车辆，交通管理部门会对其进行处罚。具体的处罚措施如下：
1. 对于前两次违反限行规定的驾驶员，只进行警告，不进行处罚。
2. 对于第三次或更多次违反限行规定的驾驶员，将处以200元罚款。
3. 如果驾驶员在一年内违反限行规定累计达到五次或更多次，除了被罚款200元外，驾驶证还将被记三分。
4. 如果是外地车辆进京，违反限行规定，除了被罚款和记分之外，还需要办理进京证后才能继续行驶。
5. 对于单位车辆，如果单位存在多次违反限行规定的行为，相关部门可能会暂停或者撤销其车辆营运手续。